方向一、调控肿瘤细胞增殖、转移的相关分子的研究
为抗癌分子靶点研究奠定基础。主要的课题负责人：樊代明、吴开春、聂勇战、张德新、潘阳林、洪流。

    方向二、肿瘤早期诊断和标志物的研究
肿瘤早期诊断与治疗是提高疗效的关键。我们系统地开展了消化道肿瘤的分子预警研究，建立了胃癌MG7抗原预警系统。获得2009年973专项基金一项和首席科学家。主要的课题负责人：樊代明、吴开春、聂勇战、王新。

    方向三、肿瘤多药耐药的研究
主要包括新的耐药分子的筛选和克隆，耐药分子在肿瘤细胞MDR中作用及机制，对肿瘤细胞MDR的耐药逆转研究。我们建立了胃癌多药耐药细胞模型，重点阐明了15种分子在多药耐药中的作用，为逆转化疗耐药提供了重要的理论基础。主要的课题负责人：樊代明、丁杰、时永全。

    方向四、肿瘤的血管生成机制及抗血管生成治疗
主要包括与肿瘤血管生成相关分子机制的研究，肿瘤血管特异分子的筛选及鉴定，抗肿瘤血管生成新药及新方法的实验研究。主要的课题负责人：吴开春、丁杰。

    方向五、慢性肝病的干细胞治疗和胆汁性肝淤积发病机制研究
干细胞在肝病治疗中的作用：主要包括干细胞回输治疗终末期肝病的机理、干细胞（包括iPS）向肝细胞定向分化的调控机制、干细胞（包括iPS）在生物人工肝中的应用基础研究等。
自身免疫性肝病的发病机理：
主要包括原发性胆汁性肝硬化的家系收集与分析、易感基因分离和鉴定，诊断标志物的筛选和鉴定，免疫细胞和细胞因子在原发性胆汁性肝硬化发病和治疗中的作用。主要的课题负责人：韩英、周新民、时永全。