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1月9日，2008年度国家科学技术奖励大会在人民大会堂隆重召开。其中，中国工程院院士、我校校长樊代明院士和他领导的科研团队，与香港大学王振宇教授长期合作，经过18年的艰辛探索，在胃癌研究及预防领域取得了重大突破，其创新性研究成果《胃癌恶性表型相关分子群的发现及其序贯预防策略的建立和应用》获得了国家科学技术进步一等奖，这是2008年医药卫生组唯一的国家科技进步一等奖。他们首次提出的胃癌序贯预防策略，有效降低了胃癌的发生率和死亡率，填补了国内外医学界研究的空白。专家们认为，这标志着我国在该领域的研究已达到国际领先水平，为人类最终战胜胃癌开辟了新的途径。
胃癌是世界上第二大癌症死因，是威胁人类健康最常见的恶性肿瘤。我国每年新发胃癌患者达40万，有30万人被其夺取生命。胃癌早期疗效好，但诊断难；晚期好诊断，但却无法治。早期诊断率不足10%，多数胃癌一经诊断即为晚期，由于缺乏有效的治疗手段，晚期胃癌的5年生存率不足10％。因此，通过全面深入研究胃癌发生发展不同阶段影响恶性表型的相关分子及其作用机制，从中找出胃癌进程中的关键节点，有针对性地制定一套合理可行的胃癌预防策略，显得尤为重要。在这方面全世界都缺乏有效的预防措施。
在多年研究的基础上，1989年初，樊代明院士率领他的科研团队开始向胃癌恶性表型相关分子群及预防策略开始冲击。在863计划、973计划、国家自然科学基金以及香港RGC基金的资助下，他们与香港大学医学院王振宇教授联合，采用包括血清学、微生物学、免疫学、分子克隆与基因修饰、组织病理、动物实验及临床研究等多种技术手段，从胃癌病因预防、化学预防、早期预警及耐药机理等四个方面进行了大量深入的研究。
历经18年的艰辛探索，他们在国际上创下了五个之首：首次研究了胃癌发生发展过程中不同阶段影响其分子生物学行为的分子及其作用机制，发现了调控胃癌凋亡、增殖和耐药等表型的5个分子群，制定了“根除幽门螺杆菌、应用非甾体类抗炎、检测胃癌特异性抗原MG7Ag和逆转多药耐药”的胃癌“三级四步”序贯预防策略，为降低胃癌发生率和死亡率提供了有效途径；首次证明根除幽门螺杆菌可减少人群37％胃癌的发生，可完全防止无癌前病变人群胃癌的发生，并首次证实幽门螺杆菌是胃癌的病原因素，可作为一级预防的靶点；首次系统研究了长期使用非甾体类抗炎药的24037例患者发生胃癌的情况，并证实该药物可用于化学预防，发现了环氧合酶-2（COX-2）有促进胃癌血管生成、增殖和抑制凋亡的作用;首次发现胃癌特异性抗原（MG7Ag）在早期诊断方面有理想的敏感性和特异性，3400例长达10年的研究表明，该抗原对胃癌癌前病变的癌变有预警作用；首次筛选到与胃癌多药耐药关系密切的114个的分子，用单克隆抗体技术、RNA差异表达分析和蛋白质谱差异表达技术，阐明了朊蛋白（PrPc）、锌带蛋白基因（ZNRD1）等14个重要分子对耐药的调控机理，制备了具有逆转耐药作用的4个单抗和8个拮抗肽。
该研究引领了胃癌防治方向，引起全世界同行的关注，成为国内1个国外5个诊治共识的制定依据，其防治策略在3 个胃癌高发区进行了长达10年的应用，在全国近2 万名医务工作者中进行了普及，提高了胃癌防治水平，产生了巨大的社会效益。
该项研究先后在《美国医学协会期刊》（JAMA）、世界癌症医学顶尖期刊《美国国家癌症研究所期刊》（JNCI）等国际期刊发表论著125 篇，影响因子合计471.08分，被国际同行引用1098 次，10篇主要论文被国内外引用781次；有194篇论文在三十余次国际性学术会上交流；其项目主持人樊代明院士先后主持或参与了55次国际性学术会议，并受邀在美国、日本、法国、挪威等学术会上作专题演讲74次；出版专著18部。2008年9月15日，樊代明院士、吴开春教授当选亚太地区消化病学会常务理事，并分别荣任该学会国际事务委员会主席和科技奖励委员会主席。鉴于樊代明院士在消化病研究方面的杰出贡献，经过激烈竞争，樊代明院士代表中国最终取得了2013年亚太地区消化病大会暨世界胃肠病大会的举办权。届时，他将担任亚太地区消化病大会主席暨世界胃肠病大会主席。
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